杰兰特把萝丝带回王城下巢穴。先知被救回后陷入了昏迷，玩家按主教的指示前去制作圣水，但圣水并未起到作用。随后玩家又在卡拉安指导下依照秘传魔法的理论制作出梦粉，进入了萝丝的梦。在萝丝的梦中玩家了解了萝丝的身世，并请求萝丝回到现实中。但萝丝仍不愿醒来。无奈之下冒险家们只好帮王城去处理各种善后工作。伊格纳西奥接到命令要将萝丝带给佩达，因此背地里他开始想方设法破坏杰兰特的巢穴。而在冒险家们面前，他仍是装出一副慈爱和谐的模样，指使冒险家们为他达成目的。在他的利用下，冒险家帮助他复活了古代人的实验品——海怪萨芬特拉，随后杰兰特在船长达兰特根据地被海怪萨拉芬特杀死，吸了黄金龙鲜血的萨拉芬特变身海龙。
随着杰兰特的死亡，王城地下的金龙巢穴也崩溃了。主教伊格纳西奥带走了萝丝。贝思柯德取走了杰兰特的剑，并用剑杀掉了海龙为杰兰特报仇。玩家前去追踪伊格纳西奥，未果。简单地用药物处理了一下被污染的部位后，玩家前在阿尔杰塔的奴隶戴维的建议下前往莲花沼泽寻找阿尔杰塔。
来到莲花沼泽，在帮助卡拉秋高徒西戴尔寻找解决龙血污染的治疗药过程中渐渐发现，原住民与迁入者之间存有矛盾。似乎有人在挑拨激化矛盾。在调查过程中，玩家们认识了背后“帮助”察提的人——卡拉韩，并了解了卡拉韩的过去。卡拉翰为了获取绿龙宝玉假意帮住大家只做了治疗龙血污染的解药，玩家与西戴尔跟随察提与卡拉翰进入圣地。在圣地里，卡拉翰露出本来面目，企图抢夺圣地中存放的绿龙宝玉。西戴尔与卡拉翰展开魔法大战，宝玉落入察提的怀里，察提一接触到宝玉，立刻被宝玉的气息所污染。玩家与西戴尔一起去找缓解的药物，而卡拉翰则把被污染发生了变异的察提带到龙之追随者占据点强行取出宝玉。察提因此死亡，西戴尔悲痛欲绝。绿龙宝玉落入卡拉翰手中。贝斯柯德莫名其妙出现在莲花沼泽。玩家与贝斯柯德一起进入古代武器库的西边，目睹了贝斯柯德与卡拉韩的较量。从贝斯柯德的口中，玩家了解了一些使徒相关的事情。西戴尔偷取魔法**决定找卡拉翰报仇，卡拉秋此时大限到了佩奥里斯塔魔法师团的**正式变更为西戴尔。六大英雄之中的魔法师卡拉秋，死亡。各地的魔法师们前来吊唁。进行过卡拉秋的葬礼后，各路魔法师集结力量对佩奥里斯塔的叛徒卡拉翰发起总攻击。随后玩家打败了绿龙卡拉翰。
而后玩家在莲花沼泽发现了被邪恶力量侵蚀的巴尔纳的僵尸。玩家前去净化巴尔纳的尸体。但净化失败了。巴尔纳前往了陨石掉落地区。而玩家跟随特拉玛伊以及萝丝，回到了神圣天堂。陨石坠落地周边，玩家进行了一系列的调查，而贝思柯德也在为巴尔纳的事情奔波。贝思柯德称先知的力量已经消失不见，而事实果真如此。在异变栖息地，玩家见到了贝思柯德与尤万西贝尔。尤万西贝尔暗示贝思柯德萝丝已经成为了新的使徒，但玩家与贝思柯德都没有明白过来。经过慎重考虑，特拉玛伊决定动用海神制造出来的用来净化贤者阿罗诺的真实之镜。玩家从佩奥里斯塔的资料库中得知，要找到真实之镜，必须佩戴异界假面。玩家在西戴尔的帮助下制作出了异界假面，并成功在被蚕食的神殿废墟中获得了真实之镜。贝思柯德，萝丝，玩家，特拉玛伊一行四人一起前往陨石坠落地中心求取真经净化巴尔纳。萝丝试图用先知之力净化巴尔纳，而贝思柯德则主张用暴力直接干掉巴尔纳。特拉玛伊不希望战友的尸体被摧毁，因此开虔诚/盾挡/化身/蛋壳挡住了贝思柯德的攻击。而萝丝却在这时用剑刺穿了贝思柯德的胸膛，夺走了黑龙宝玉，并现出了原型：新一任竞技场骑士，萝丝琳德。随后，萝丝带着黑龙宝玉消失了。贝思柯德生命垂危，玩家去蚕食神殿废墟寻找药草，却意外发现巴尔纳的僵尸已经被兰伯特打倒。玩家回去报告了此事，巴尔纳的尸体被存放进了寂静修道院。
阿尔杰塔用金龙宝玉复活了杰兰特。两人（龙）结伴前往精灵们的故乡，生命之树的所在地，阿努阿兰德。
补充：番外：沙漠风暴
魔法师斯泰拉一直热衷于房地产。然而在奇迹祭坛地区发现了来历不明的学者尸体,斯泰拉并没有因为发现尸体而放弃房地产，于是她让玩家前去帮忙寻找一些研究材料。玩家去找材料，却意外地发现了另一名学者【XD-26？】。
这名学者似乎在隐瞒什么。在调查的过程中，玩家渐渐发现，一群神秘的机器人和装甲车正大肆侵略泰努玛拉地区。在伊戴尔基地，她告诉冒险家，她来自未来。斯泰拉听说这一消息后非常兴奋，让玩家前往泰努阿尔神殿。在泰努阿尔神殿，玩家看到了令人震惊的一幕：巨大的飞行船母舰从沙海中升起。。。
学者告诉玩家一个名为荒漠风暴的计划正在实行：未来，人与龙的战争中，人类节节败退，人们只好派出学者到过去，企图在过去改变未来。大概就像这图吧。。。从未来1回到过去，把历史的进程改向未来2。
章节外传2 代号杰罗
学者柯梅里纳告诉我们，计划的负责人是一个叫百合花的克隆人。这一计划早已变味，百合花打算毁掉过去，腾出时空来给未来的人居住。大家前去阻止百合花，却发现百合花挟持了一个叫黛西的伢。【黛西是k总对古代龙宝玉的实验制造出来的？K总依据黛西克隆了百合花？求说明。。。】
百合花杀了黛西，并从黛西身体里取出了一块龙之宝玉。并将这块宝玉用于克隆体的制造，制造出了大批的终结者【划掉】克隆体部队。这批部队纠集在百合花远征基地，而百合花正打算对过去发起总攻击。玩家们轰轰烈烈杀进了百合花远征基地，消灭了未来的装甲部队和学者部队。百合花也被重伤，逃进了沙漠。正当百合花绝望的时候，一名疑似佩达的男子带走了百合花。。。
百合花取出的那块宝玉，经过鉴定为古代龙宝玉，玩家从特拉玛伊口中听说贝思柯德的健康状况进一步恶化，遂前往王城地下，企图用古代龙宝玉让贝爷恢复健康。但贝爷放弃治疗【何弃疗！药无停！】，柯梅里纳劝贝爷不要放弃治疗，药不能停。。。【我又在作死。。。】贝爷遂决定继续治疗。。。于是贝爷接受了古代龙宝玉，恢复了活力。
柯梅里纳告别了玩家。而贝思柯德也突然消失。特拉玛伊捎来了贝思柯德的口信：阿努阿兰德发生变故。特拉玛伊建议玩家前往生命之树的所在地，阿努阿兰德。
龙之追随者突然进攻神圣天堂。由于毫无防备，神圣天堂沦陷。龙之追随者大肆破坏，而得到了黑龙宝玉的佩达更是直接化身黑龙攻入王城。他毁坏了天堂主城，从国王手中抢走了一块神秘的石板。王城损失惨重，人们重新开启了通往阿努阿兰德的道路，建设起全新的神圣天堂。
阿尔杰塔和杰兰特来到了阿努阿兰德追踪伊格纳西奥和萝丝琳德，得知生命之树的力量正在衰退，老女王内尔文健康情况每况愈下，精灵们开始选举女王，此时遭遇尤万西贝尔的知森林投毒事件，于是前往新月森林解决了萝丝德林的森林投毒事件，发现萝丝琳德偷走了森林的根源。没想到此事是尤万西贝尔的调虎离山之计，他早和萝丝琳德串通好，通知了伊格纳西奥女王候选人的名单，女王候选人一个接一个被暗杀，此时当阿尔杰塔和杰兰特回到生命之树，发现尤万西贝尔已经杀进生命之树，并认为成为女王，终生被生命之树吸取能量是种悲哀的事情。为了把同伴从这种折磨中解救出来，不让又一个同胞承受和赛伦西艾尔一样的痛苦，尤万西贝尔决定杀了内尔文，让她得到解脱。正当尤万西贝尔举起刀的时候，突然出现的萝丝琳德从身后刺穿了他的胸口。尤万西贝尔重伤。关键时刻，内尔文与生命之树融为一体，而尤万西贝尔也消失在了光芒中。萝丝琳德带着生命之树的根源离开了，阿尔杰塔让玩家与弓箭手交谈了解情况。弓箭手告诉我们，生命之树被注入了新的力量。新任精灵王，尤万西贝尔登基。尤万西贝尔获得了自己的特雷西亚——佩尔德列斯。
为了阻止佩达打开巨石碑之门，一行人来到生命之树的根部巨石碑所在地，遭遇露娜莉亚，阿尔杰塔被露娜莉亚打败，和杰兰特逃亡炙风地狱，此时佩达攻击了生命之树，关键时刻卡拉安带领宫廷魔法师团，特拉玛依带领神殿骑士团出现，佩达知难而退。
塔姐带领玩家穿过炙风地狱，来到了巨石碑之门。佩达和露娜莉亚早已在此准备打开巨石碑之门。双方一见面，立刻剑拔弩张。阿尔杰塔打碎了古代人建造的封印石，释放了用来支撑封印石的力量，银龙的实力得以完全发挥。但露娜莉亚使用了时空枷锁ex，限制了阿尔杰塔的行动。紧要关头，玩家动用咒术石的力量发动能量之轮ex为阿尔杰塔解除了debuff，并给露娜莉亚造成了冲击。佩达与塔姐决斗，而露娜莉亚却露出了真实面目——维斯提内的碎片，引导佩达开启了巨石碑之门。巨石碑之门开启了，女神的噩梦喷涌而出，阿尔杰塔张开结界，阻挡了噩梦的扩散，并从佩达那里强拆了黑龙宝玉。
当玩家恢复意识时候，人都不见了，原来已经陷入了时空裂隙，在卡拉汉指点下从时空裂隙回到了现实，然后再痛哭墙再次遭遇露娜莉亚和大开的巨石碑，而刺客已被巨石碑涌出的噩梦杀死。露娜莉亚悲痛欲绝。佩达愤然离开，露娜莉亚命令玩家陪她一同前往女神之瞳，企图找回刺客。但已死之人无法挽回，露娜莉亚突然对玩家表示对不起。然后穿越时空离开了，而梅里恩戴尔再次出现在玩家面前，并带玩家去找佩达，却发现佩达对巨石碑之门的开启绝望的一幕，时间再次错乱，玩家不仅没有回到现在，反而穿越到了更加遥远的过去，见到了卡汉拉和古代人们。卡汉拉阻止了其他古代人的无理言行，请求玩家以间谍的身份前往堕落的贤者阿罗诺处探查情况。玩家被传送门传送到了古代人研究时空的场所，也就是现在的百合花远征基地。在那里，玩家目睹了阿罗诺宣称人类必将归属黑暗，露娜莉亚被从迷之大陆召唤出来的场景，惊讶不已的露娜莉亚命令古代人们杀了玩家。幸好卡汉拉及时赶到，救下了玩家。佩达对这个世界的绝望和不满。这个世界是女神的梦，梦中的事物对做梦的人来说是不存在的，而做梦的人终究要醒来，也就是说，这个世界注定会灭亡。佩达对此感到绝望，并决定杀掉女神，创造一个真实存在的美好世界。随后玩家又看到了巨石碑被红龙，梅里恩戴尔，佩达关上的过程。阿尔杰塔警告佩达，红龙的宝玉无法使用，离开了。回到阿努阿兰德，卡汉拉问了玩家一个问题，古代人的罪孽能否被饶恕？随后，卡汉拉为玩家献上了祝福，她告诉玩家，女神在期待你书写自己的命运。最后，卡汉拉的灵魂终于散去，而玩家也被送回了原本的时空。几百年来波动的时空乱流，终于安静下来。
随后贝思柯德来找佩达报仇，在痛哭墙与萝丝琳德对峙，当玩家到达后离开，贝思柯德告诉了玩家更多的关于他自己的真相，随后去找佩达。玩家被派去消灭魔物，却在监视者之塔见到了露娜莉亚。露娜莉亚告诉玩家，巨石碑之门已经开启，刺客也在自己反复穿越时间改变历史的努力下活了下来。她的使命和心愿都已经达成，她可以放心离开这个世界了。她还说，看到刺客能努力地保护这个世界，她非常欣慰。把刺客托付给其他冒险家们照顾后，露娜莉亚安静地离开了这个世界，回到了迷之大陆。。
随后阿尔杰塔为了守护阿尔特里亚吞下了巨石碑门里所有的噩梦。因此她会一点点堕落，为了不使自己堕落而破坏世界，阿尔杰塔命令贝思柯德杀掉自己。贝思柯德一剑刺穿了阿尔杰塔的胸膛，阿尔杰塔带着黑龙宝玉消失了，银龙宝玉被贝思柯德吸收。古代龙中的银龙阿尔杰塔，死亡。阿尔杰塔死去了，杰兰特很受打击。愤怒的杰兰特把怒火倾泻在贝思柯德身上，离开了。贝思柯德说佩达的目的【指打开巨石碑之门，不是指杀掉女神创造世界】已经达到了。我们失败了。建议玩家跑路。玩家与杰兰特一同前往痛哭墙取杰兰特的剑，遇上了前来查看情况的佩达，佩达认为金龙完全不能构成威胁，离开了痛哭墙。
金色的光芒中，杰兰特留在剑上的能量化作之前的那个杰兰特出现了。他安慰了失败的玩家，令玩家重新有了信心。随后，他将少年杰兰特托付给我们照顾，彻底消失了。
